潔凈室工程的整廠規劃，因涉及范圍極廣，需建筑、水電、空調、環保、防震、制造等各項專業人才共同規劃，盡管不少潔凈室工程規劃，多需要就于既有的建筑物，然而，為避免失誤應盡可能事先確認下列事項：

1. 潔凈室工程潔凈度等級；　
2. 室壓的平衡措施；
3. 溫濕度要求；
4. 機器設備的必要性；
5. 確定生產流程；
6. 局部排氣的必要性；
7. 日后擴充彈性；　
8. 足夠維護保養空間；
9. 空調送風方式；　
10. 員工休息區的安排；
11. 設施與動力的配置；　
12. 室內凈高與樓板載重；
13. 設備空間與管道間； 
14. 門窗宜少，氣密性要佳；
15. 靜電、振動及噪音；
16. 生產線與活動線少交接；
17. 公害、污染與防災；
18. 安裝及運轉成本之衡量。